「疑案辦」之重大歷史懸疑案件調查辦公室擁有一個大資料庫，從清領時期、日本時代、戰後到解嚴前、解嚴後累積了許多疑案素材。目前收錄了700篇以上的案件紀錄，這是一個很巨大的累積成果。